Το εβδομαδιαίο ωρολόγιο πρόγραμμα του ΠΜΣ «Χειρουργική Ογκολογία» οργανώνεται σε τέσσερα ακαδημαϊκά εξάμηνα και υλοποιείται κατά κύριο λόγο διά ζώσης, στις εγκαταστάσεις του ΓΝΑ «Ιπποκράτειο» και του Αρεταιείου Νοσοκομείου.
Τα θεωρητικά μαθήματα πραγματοποιούνται σε εβδομαδιαία βάση από διακεκριμένους επιστήμονες της ημεδαπής και της αλλοδαπής, ενώ η πρακτική εκπαίδευση περιλαμβάνει παρακολούθηση χειρουργικών επεμβάσεων, συμμετοχή σε Ογκολογικά Συμβούλια, άσκηση σε εργαστήρια και παρακολούθηση επιστημονικών ημερίδων. Τα προγράμματα των ακαδημαϊκών ετών 2024–2026 είναι διαθέσιμα παρακάτω.